近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所動(dòng)物基因工程與種質(zhì)創(chuàng)新科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)聯(lián)合北京相關(guān)生物企業(yè)等單位成功繪制了梅山豬高質(zhì)量基因組圖譜。該圖譜是迄今為止精度最高的亞洲豬基因組圖譜，為我國(guó)地方豬種質(zhì)資源保護(hù)和開發(fā)利用奠定了基礎(chǔ)。相關(guān)成果發(fā)表于《分子生態(tài)資源（Molecular Ecology Resources）》。

 

　　據(jù)項(xiàng)目負(fù)責(zé)人周榮博士介紹，我國(guó)地方豬種具有肉質(zhì)好、抗逆性強(qiáng)、耐粗飼等特點(diǎn)，是生豬種業(yè)持續(xù)創(chuàng)新和實(shí)現(xiàn)種源自主可控的良好素材。國(guó)內(nèi)外學(xué)者針對(duì)我國(guó)地方豬種的抗病力、繁殖性能等重要經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳機(jī)制開展了大量研究，產(chǎn)生了海量重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，分析研究這些數(shù)據(jù)需要與參考基因組進(jìn)行比對(duì)，但目前豬功能基因組學(xué)研究大多利用西方豬種杜洛克的基因組序列，這在一定程度上限制了對(duì)亞洲家豬的基因組學(xué)研究。

 

　　研究人員成功繪制了我國(guó)地方品種梅山豬的高質(zhì)量基因組圖譜，contig N50和scaffold N50分別達(dá)到48.05 Mb和138.97 Mb，基因組大小為2.51Gb，共注釋到22,074個(gè)編碼基因，是目前完整度最高、連續(xù)性最強(qiáng)的亞洲豬基因組圖譜。研究人員對(duì)梅山豬和杜洛克豬的基因組進(jìn)行了比較分析，發(fā)現(xiàn)梅山豬基因組共存在49103個(gè)結(jié)構(gòu)變異，其中4.02%是亞洲豬特有的結(jié)構(gòu)變異。研究還發(fā)現(xiàn)亞洲豬X染色體上存在一個(gè)30 Mb的特有結(jié)構(gòu)變異熱點(diǎn)，該熱點(diǎn)富集了與亞洲豬脂肪沉積、高繁殖力等特異性表型相關(guān)的基因。

 

　　該研究得到國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等項(xiàng)目的支持。

 

　　原文鏈接：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33825319/

　　圖 亞洲豬X染色體上存在的特有結(jié)構(gòu)變異熱點(diǎn)