本站消息 近日，國(guó)際知名期刊Molecular Plant在線發(fā)表了來自云南農(nóng)業(yè)大學(xué)董揚(yáng)教授課題組題為“VitisGDB: The Multifunctional Database for Grapevine Breeding and Genetics”的研究論文（DOI:https://doi.org/10.1016/j.molp.2020.05.002），標(biāo)志著我國(guó)在葡萄屬植物功能基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)方面取得重要進(jìn)展。該成果為植物學(xué)家開展葡萄屬植物比較基因組學(xué)分析與葡萄遺傳育種提供了有力的在線分析工具。
葡萄是世界上最古老的果樹樹種之一，葡萄（Vitis vinifera ssp.vinifera）是葡萄屬中栽培最多的水果作物，該屬還含有約60種可育的野生種。在世界溫帶地區(qū)的原生棲息地中，北美約有28種野生葡萄品種，東亞約有30種野生葡萄種類。盡管葡萄栽培在人類歷史中具有重要的文化意涵及經(jīng)濟(jì)價(jià)值，但大規(guī)?；蚪M遺傳變異數(shù)據(jù)的缺乏導(dǎo)致無法解析其馴化傳播歷史，也嚴(yán)重阻礙了葡萄的性狀改良。
VitisGDB的構(gòu)建和功能介紹
隨著全球越來越多葡萄屬植物基因組的陸續(xù)解析，及相關(guān)重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄調(diào)控等高通量數(shù)據(jù)的積累，研究者迫切需要一個(gè)能夠整合基因組、遺傳變異數(shù)據(jù)、轉(zhuǎn)錄組和表型組等多層次數(shù)據(jù)的比較工具，對(duì)葡萄屬的特定生物學(xué)特征或基因家族的基因序列、結(jié)構(gòu)等進(jìn)行比較分析。為此，董揚(yáng)教授和盛軍教授、中科院植物研究所李紹華教授合作，共同構(gòu)建了首個(gè)葡萄屬植物基因組學(xué)網(wǎng)站-VitisGDB（http://vitisgdb.ynau.edu.cn/）。截至目前，VitisGDB共收錄了葡萄屬7個(gè)物種共22個(gè)基因組組裝結(jié)果；收錄并處理了包括1641個(gè)重測(cè)序數(shù)據(jù)以及相應(yīng)的表型信息；預(yù)測(cè)鑒定出9395萬個(gè)單核苷酸變異位點(diǎn)（SNP）以及9.7萬個(gè)基因共線性關(guān)系。通過整合多種可視化組件與基因組在線比較工具，該數(shù)據(jù)庫(kù)將不同類型的數(shù)據(jù)有機(jī)整合到了一起，為用戶提供了友好的數(shù)據(jù)檢索、下載和在線分析服務(wù)。論文在同行評(píng)議中，國(guó)際著名葡萄研究工作者給予極其高度的評(píng)價(jià)，認(rèn)為該數(shù)據(jù)庫(kù)是葡萄遺傳資源領(lǐng)域類目前最全面和易用的數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)的上線，是我國(guó)葡萄遺傳資源的首個(gè)原創(chuàng)性數(shù)據(jù)庫(kù)，為葡萄這種“一帶一路”典型作物的協(xié)同研究提供了重要的工具。
云南生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室研究董揚(yáng)教授團(tuán)隊(duì)董笑和陳瑋教授為論文共同第一作者，盛軍教授和李紹華教授為論文的共同通訊作者。該工作得到了云南省農(nóng)業(yè)廳的項(xiàng)目資助。
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